Plusieurs orgues se sont succédés dans cette église, entre le XVème et le XVIème siècle. C'est vers 1634 que l'on connaît l'existence de ce grand orgue dont nous pouvons admirer, aujourd'hui encore, le magnifique et imposant buffet en noyer sculpté, qui fut classé monument historique en 1911. En 1748, la restauration de l'orgue est confiée par les Antonins à Samson Scherrer, facteur d'orgues d'origine suisse et de grande réputation, faisant de cet instrument « un orgue de 8 pieds sonnant 16 à 4 claviers, 2 octaves de pédales avec positif en saillie et environ 44 jeux ». Enlevé en 1805, le jour de la sainte Cécile, malgré l'opposition de la population, démonté, pour être placé en l'église Saint Louis de Grenoble, l'orgue est revenu à Saint-Antoine en 1982. Reconstruit par Bernard Aubertin, avec un grand respect de la facture et de la coloration sonore de Scherrer, ce grand orgue classique français a été inauguré en septembre 1992. Cinq jeux restaient en attente; ils furent placés en octobre 2001, donnant à l'orgue la plénitude de sa sonorité.