Zwischen dem 15. und dem 16. Jahrhundert sind in dieser Kirche mehrere Orgeln einander gefolgt. Etwa um 1634 wurde die Existenz dieser großen Orgel entdeckt; heutzutage können wir immer noch das hervorragende und majestätische Orgelgehäuse bewundern, das mit Schnitzereien aus Nussbaumholz verziert ist; das Gehäuse steht seit 1911 unter Denkmalschutz. Im Jahr 1748 wurde Samson Scherrer, berühmter schweizerischer Orgelbauer, mit der Durchführung der Orgelrestauration betraut. Er hat von diesem Instrument eine Orgel gemacht, 8-Füsse hoch, mit 4 Etagenklaviaturen, Pedalen mit 2 Oktaven, mit Rückpositiv und etwa 44 Registerzügen. Die Orgel wurde in 1805 am Tag der heiligen Cecilia abgeholt und demontiert, und wurde in die Kirche „Saint Louis“ (Sankt Ludwig) von Grenoble gestellt. Die Orgel befindet sich erneut in Saint-Antoine seit 1982. Diese klassische Großorgel wurde von Bernard Aubertin wieder aufgebaut, die Machart und Tonfarben von Scherrer wurden eingehalten. Fünf weitere noch nicht montierte Registerzüge wurden im Oktober 2001 eingebaut, was der Orgel ihre volle Klangfarbe verliehen hat.