Parecchi organi si sono succeduti in questa chiesa, fra il XVº ed il XVIº secolo. L’esistenza di questo organo è stata scoperta verso il 1634 e ancora oggi possiamo ammirarne la splendida ed imponente cassa in noce scolpita, che fu classificata monumento storico nel 1911. Nel 1748, il restauro dell'organo fu affidato dagli Antonini a Samson Scherrer, fabbricante di organi di origine svizzera, molto noto, che fece di questo strumento « un organo di 8 piedi suonando da 16 a 4 tastiere, 2 ottave di pedali con positivo sporgente e circa 44 registri ». Rimosso nel 1805, il giorno di santa Cecilia, nonostante l’opposizione della popolazione, smontato, poi sistemato nella chiesa Saint Louis di Grenoble, l'organo è ritornato a Saint-Antoine nel 1982. Ricostruito da Bernard Aubertin, con il più gran rispetto per la fattura e la colorazione sonora di Scherrer, questo grande organo classico francese fu inaugurato nel settembre 1992. Cinque registri erano ancora in attesa, furono installati nell’ottobre 2001, conferendo così all’organo la pienezza della sua sonorità.